Selbst die Datenschätze heben
Bis nach Kanada und in die Vereinigten Staaten hat sich die Kunde von der Summer School, die Altuna Akalin seit vier Jahren anbietet, herumgesprochen. Im Interview erzählt der Leiter der Technologieplattform Bioinformatik am Berlin Institute for Medical Systems Biology (BIMSB) am MDC, warum seine Ausbildungsinitiative so gut angenommen wird.
Seit vier Jahren leitet Dr. Altuna Akalin die "Computational Genomics Summer School" am MDC.
Die Nachfrage nach den Plätzen in Ihren Kursen ist groß. Was macht die computergestützte Analyse von Daten so spannend?
Wer heute in den Laboren arbeitet und mit den modernen Sequenziergeräten riesige Mengen an Rohinformation produziert, kann diese oft nicht selbst analysieren: Schließlich werden den Nachwuchsforschenden in der universitären Ausbildung eher theoretische Kenntnisse etwa der Chemie oder Biologie vermittelt. Dabei ist Datenerfassung nur der halbe Spaß. Wer im Labor mit viel Mühe große Datensätze schafft, will diese Schätze anschließend auch heben. Aber es gibt viel mehr Daten als Personen, die diese auswerten könnten.
Welche Methoden vermitteln Sie und wozu sind sie gut?
Wir bieten jedes Jahr einen anderen Schwerpunkt an. In diesem Jahr war das Bisulfite-seq, eine recht neue Sequenziermethode, die zunehmend zum Einsatz kommt. Sie wird genutzt, um chemische Modifikationen in der Desoxyribonukleinsäure (DNA) ausfindig zu machen. Außerdem kann Bisulfite-seq uns zeigen, wie Gene reguliert werden.
Wer nimmt an Ihren Kursen teil?
Vor allem Postdoc und PhD-Studierende, etwa zur Hälfte aus dem Labor und aus der computergestützten Arbeit. Wir suchen die Leute gezielt nach ihren Programmierkenntnissen aus, ohne Vorerfahrung ist die Teilnahme nicht sinnvoll.
Haben Sie schon Pläne für das nächste Jahr?
Ja, wir werden RNA-seq und ChIP-seq anbieten. Diese Methoden zur DNA-Analyse sind zwar nicht neu, werden aber in der Genomik am häufigsten eingesetzt und sind deswegen wichtig. RNA-seq wird genutzt, um die Gen-Expression zu messen, und mit ChIP-seq lässt sich detektieren, an welcher Stelle Proteine an die DNA binden.
Profitieren Sie selbst ebenfalls von der Summer School?
Auf jeden Fall. Von den Forschenden, die wir als Lehrkräfte einladen, können wir selbst viel lernen – so bleiben wir über die aktuellen Methoden auf dem Laufenden.
